มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญกับการส่งเสริมเรื่องการบริโภคที่ถูกสุขลักษณะและมีคุณค่าทางโภชนาการแก่ประชาชนอย่างต่อเนื่อง โดยเริ่มจากการกำหนดให้ร้านอาหารทุกร้านในศูนย์อาหารของมหาวิทยาลัย (MU Cafeteria) ต้องผ่านการตรวจอย่างเข้มงวดตามมาตรฐานของกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข โดยผู้ที่มีส่วนสัมผัสอาหารต้องได้รับการตรวจสุขภาพประจำปีทุกปี แต่ละร้านอาหารจะต้องได้รับการสุ่มตรวจตัวอย่างอาหาร เพื่อหาสารปนเปื้อนตามเกณฑ์ของกระทรวงสาธารณสุข ในโครงการอาหารปลอดภัย นอกจากนี้ผู้ประกอบการร้านค้าทั้งหมดจะได้รับการฝึกอบรมความรู้ในเรื่องสุขอนามัยเป็นประจำทุกปี มีการตรวจสอบจากคณะกรรมการตามเกณฑ์มาตรฐานการให้บริการ เช่น ร้านค้าต้องปรุงอาหารโดยคำนึงถึงเรื่องสิ่งแวดล้อม ความสะอาด และต้องจำหน่ายอาหารตามราคาที่กำหนด และภายในศูนย์อาหาร มีร้านอาหารทางเลือกให้กับผู้บริโภคที่ทานอาหารมังสวิรัติและผู้บริโภคที่ทานอาหารฮาลาล ด้วยความเป็นมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ จึงมีการส่งเสริมการทำเกษตรแบบยั่งยืนเพื่อสร้างความมั่นคงทางอาหารและการเข้าถึงแหล่งอาหารให้กับชุมชนผ่านโครงการต่าง ๆ เช่น วิทยาเขตนครสวรรค์ได้มีโครงการ “ MUNA SMART FARM ” ที่ทางมหาวิทยาลัยทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางในการเชื่อมโยงระหว่างเครือข่ายนักศึกษากับคนในชุมชน และเป็นที่ปรึกษาด้านวิชาการเกษตร และด้านวางแผนการตลาด พร้อมทั้งให้การรับรองผลิตผลของชุมชนที่ได้มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ภายใต้เครื่องหมาย ที่ได้รับการจดสิทธิบัตร “ MU ORGANIC ” และ โครงการชุมชนร่วมกันบริโภคผักผลไม้ปลอดภัยที่ทางมหาวิทยาลัยได้ร่วมกับ โรงเรียนบ้านประชาสามัคคี ตำบลบางเคียน อำเภอชุมแสง จังหวัดนครสวรรค์ ภายใต้การสนับสนุนโดย สำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) และ ทีมสร้างเสริมสุขภาพนครสวรรค์ ซึ่งใช้โรงเรียนเป็น “ ศูนย์กลาง ” ในการจัดการอาหารปลอดภัย โดยนอกจากมีกลุ่มเป้าหมายที่เป็นกลุ่มนักเรียนของโรงเรียนแล้วยังมี “ ครอบครัวกลุ่มอาสา ” ร่วมปลูกผักผลไม้ปลอดภัย และต่อยอดขยายผลไปยังชุมชนอื่น ๆ สู่การทำ “ แผนที่อาหารปลอดภัยของชุมชน ” เพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตในการบริโภคอาหารปลอดภัยของประชาชน ทางคณะเทคนิคการแพทย์วิทยาเขตศาลายา ได้ดำเนินโครงการพัฒนาเกษตรปลอดภัยของมหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2561 ตามแนวคิดการตรวจรับรองผลผลิต “ เกษตรปลอดภัย ” ด้วยการยกระดับมาตรฐานการตรวจรับรองผลผลิตทางการเกษตรจากแปลงที่ปลอดจากสารพิษตกค้าง ยาฆ่าแมลง โดยใช้เทคนิคการตรวจวิเคราะห์ที่มีความไว และความจำเพาะสูง ได้แก่ GC-MS/MS หรือ LC-MS/MS ในจังหวัดภาคกลาง รวม 8 จังหวัด (นครปฐม สุพรรณบุรี ราชบุรี กาญจนบุรี สมุทรสาคร สมุทรสงคราม เพชรบุรี และประจวบคีรีขันธ์) นอกจากนี้ ยังได้พัฒนาระบบรับรองมาตรฐานคุณภาพผลผลิตทางการเกษตรและอาหารปลอดภัย โดยสุ่มตรวจผักผลไม้จากแปลงเกษตรด้วยเครื่องมือวิทยาศาสตร์ที่ทันสมัย ซึ่งผลผลิตทางการเกษตรที่ปลอดภัย จะได้รับตราสัญลักษณ์ “ MUMT Recommended ” เพื่อรับรองผลิตภัณฑ์อย่างเป็นทางการ และส่งต่อผลผลิตเกษตรปลอดภัยเข้าสู่โรงพยาบาลต่าง ๆ 9 โรงพยาบาลในจังหวัดนครปฐม ขยายสู่การสนับสนุน นโยบายโรงพยาบาลอาหารปลอดภัยของกระทรวงสาธารณสุข จำนวน 66 โรงพยาบาล ในเขตสุขภาพที่ 5 โรงเรียน 11 แห่ง และผลผลิตถูกเชื่อมโยงไปสู่การค้าขายในท้องตลาด รวมถึงทำ MOU ร่วมกับภาคอุตสาหกรรมการแปรรูปผลผลิตทางการเกษตรเพื่อเป็นทางเลือกอาหารปลอดภัยสู่ผู้บริโภคมากยิ่งขึ้น ต่อมาได้ขยายไปสู่พื้นที่ขนาด 10.5 ไร่ ที่มณฑลทหารบก ที่ 17 จังหวัดกาญจนบุรี ภายใต้โครงการ “ Green Army , Green Farmer เพื่อประเทศชาติและประชาชน ” นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยได้สนับสนุนงานวิจัยที่ช่วยเพิ่มผลผลิตเชิงพาณิชย์ ดังเช่น งานวิจัยสารชีวโมเลกุล สําหรับกระตุ้นการวางไข่ในแม่พันธุ์กุ้งโดยไม่ตัดตา และงานวิจัยแม่กุ้งก้ามกราม แปลงเพศ MU1 โดยสถาบันชีววิทยาศาสตร์โมเลกุล ซึ่งงานวิจัยทั้งสองนี้ช่วยเพิ่มปริมาณกุ้งให้เกษตรกร และส่งเสริมอุตสาหกรรมกุ้งของประเทศไทย มหาวิทยาลัยมหิดล โดยวิทยาเขตอำนาจเจริญ จัดทำโครงการ " ข้าวเป็นยา " ด้วยการวิจัยทดลองปลูกข้าวสินเหล็กอินทรีย์ ที่มีธาตุเหล็กในเมล็ดสูง และ ข้าวกล้อง กข.43 อินทรีย์ ที่มีค่าน้ำตาลต่ำ โดยข้าวทั้งสองพันธุ์นี้ดีต่อสุขภาพ เหมาะสำหรับผู้ที่ต้องการควบคุมน้ำตาลในร่างกาย หรือ ผู้ป่วยโรคเบาหวาน ดีต่อระบบนิเวศ เนื่องจากปลอดภัยจากสารพิษจึงเป็นการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ และเป็นต้นแบบในการพัฒนาการเกษตรแบบยั่งยืน