มหาวิทยาลัยมหิดล มีการบริหารจัดการน้ำประปาอย่างเป็นระบบเพื่อความยั่งยืนและประสิทธิภาพ โดยได้รับน้ำประปาจากการประปาส่วนภูมิภาค สำหรับพื้นที่ศาลายา มหาวิทยาลัยได้วางระบบท่อจ่ายน้ำประปาเป็น ระบบท่อวงจร (Ring Loop Pipe System) ให้ครอบคลุมทุกส่วนงาน ซึ่งระบบนี้ช่วยกระจายและเพิ่มเสถียรภาพของแรงดันน้ำ อีกทั้งยังช่วยให้เจ้าหน้าที่สามารถควบคุมการเปิด-ปิดน้ำเฉพาะในพื้นที่ที่ต้องบำรุงรักษาหรือซ่อมแซมได้ โดยที่ยังคงสามารถจ่ายน้ำไปยังส่วนงานอื่น ๆ ได้ตามปกติ

นอกจากนี้ เพื่อให้การบริหารจัดการน้ำมีประสิทธิภาพสูงสุด มหาวิทยาลัยได้ติดตั้ง มาตรวัดน้ำประปาดิจิตอล จำนวน 90 จุด ครอบคลุมทุกส่วนงานในพื้นที่ศาลายา ระบบนี้เป็นหัวใจหลักของ ระบบการติดตามตรวจสอบปริมาณการใช้น้ำรายส่วนงานทั้งมหาวิทยาลัย เนื่องจากสามารถติดตามและตรวจสอบข้อมูลการใช้น้ำผ่านระบบออนไลน์ได้อย่างแม่นยำ และสามารถแจ้งเตือนทันทีหากพบปริมาณการใช้น้ำที่ผิดปกติ ซึ่งช่วยให้เจ้าหน้าที่สามารถเข้าดำเนินการแก้ไขปัญหาที่อาจเกิดจากการรั่วไหลได้อย่างรวดเร็ว

สำหรับส่วนงานที่ตั้งอยู่นอกพื้นที่ศาลายา การติดตามปริมาณการใช้น้ำจะดำเนินการโดยให้ส่วนงานดังกล่าวรายงานข้อมูลการใช้น้ำเป็นประจำทุกเดือนผ่านระบบ MU ECO DATA ของมหาวิทยาลัย เพื่อให้ภาพรวมของการบริหารจัดการน้ำครอบคลุมทุกพื้นที่ของมหาวิทยาลัยมหิดล