มหาวิทยาลัยมหิดล ได้กำหนดนโยบายการปรับปรุงหรือก่อสร้างอาคาร โดยส่งเสริมให้มีการออกแบบอาคารที่ประหยัดพลังงานและมีการใช้ทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพและเกิดประโยชน์สูงสุด ไม่ส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ตลอดจนส่งเสริมการมีพื้นที่สีเขียวโดยรอบและบริเวณของอาคาร เพื่อเป็นการลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกและช่วยปกป้องสุขภาพและส่งเสริมความสามารถในการทำงานของผู้คนในอาคาร โดยได้ยึดแนวคิดการออกแบบอาคารเพื่อส่งเสริมให้เป็นอาคารเขียว ดังนี้
การออกแบบอาคารเพื่อการประหยัดพลังงานของมหาวิทยาลัยมหิดล จะมุ่งเน้นที่การออกแบบอย่างบูรณาการ ให้เข้ากับสภาพแวดล้อมได้อย่างลงตัว โดยสัมพันธ์กับกลยุทธ์ของมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ (Eco-University) ตัวอาคารจะถูกออกแบบโดยมีการระบายอากาศที่ดี เพื่อให้อาคารได้รับความเย็นจากลมธรรมชาติ ตลอดจนมีแสงสว่างที่ เพียงพอ เพื่อลดการใช้พลังงาน นอกจากนี้เทคโนโลยีของอุปกรณ์ไฟฟ้าที่ติดตั้งภายในอาคารก็จะมีการปรับให้มีประสิทธิภาพที่สูงขึ้น ทำให้ประหยัดพลังงาน เช่น การใช้งานหลอดไฟ LED การใช้ระบบควบคุมอาคารอัตโนมัติ การติดตั้งระบบพลังงานทดแทนจากธรรมชาติ เป็นต้น
การลดปริมาณการใช้น้ำดิบจะช่วยแก้ปัญหาการขาดแคลนน้ำในอนาคตได้ มหาวิทยาลัยมหิดลจึงสนับสนุนและส่งเสริมการออกแบบอาคารเพื่อการประหยัดน้ำและการใช้น้ำอย่างมีประสิทธิภาพ โดยการเลือกใช้สุขภัณฑ์และอุปกรณ์ เช่น โถสุขภัณฑ์ ก๊อกน้ำ ฝักบัว รุ่นประหยัดน้ำ หรือใช้ผลิตภัณฑ์ฉลากเขียว นอกจากนี้ยังนำน้ำรีไซเคิล (Recycled Water) ที่ได้จากการบำบัดน้ำเสียกลับมาใช้ใหม่ เช่น ใช้สำหรับน้ำชำระล้างโถสุขภัณฑ์ ใช้รดน้ำต้นไม้ เป็นต้น นอกจากนี้ยังกักเก็บน้ำรีไซเคิลรวมกับน้ำฝนเพื่อทดแทนน้ำประปาสำหรับรดน้ำต้นไม้ในฤดูแล้ง และในส่วนของการจัดการเรื่องพื้นที่สีเขียว มหาวิทยาลัยจะเลือกพันธุ์ไม้ท้องถิ่นที่เหมาะสมต่อภูมิอากาศและต้องการน้ำน้อย เพื่อให้ง่ายต่อการดูแล มีความแข็งแรงทนต่อสภาพอากาศ และลดการใช้น้ำ มหาวิทยาลัยมีการติดตั้งมาตรวัดน้ำย่อยเพื่อใช้บริหารจัดการน้ำในส่วนต่าง ๆ อย่างเป็นระบบและให้มีประสิทธิภาพ ตลอดจนการกำหนดนโยบายและรณรงค์เพื่อสร้างความรู้ความเข้าใจให้ผู้ใช้บริการอาคารมีจิตสำนึกในการประหยัดน้ำและการใช้น้ำอย่างมีประสิทธิภาพ
การออกแบบอาคารของมหาวิทยาลัยมหิดล จะใช้สิ่งแวดล้อมและธรรมชาติเข้ามามีส่วนร่วมในการออกแบบ เพื่อให้ผู้คนที่อยู่ในอาคารได้รับความรู้สึกกลมกลืนกับธรรมชาติ อีกทั้งยังเป็นการปกป้องสุขภาพและส่งเสริม ความสามารถในการทำงานของผู้คนในอาคาร มีการใช้วัสดุทนความร้อนและกันความร้อน ตลอดจนเป็นวัสดุ ที่มีความทนทานและการบำรุงรักษาที่ต่ำ นอกจากนี้การออกแบบอาคารยังคำนึงถึงคุณภาพชีวิตของผู้คนในมหาวิทยาลัย และบุคคลภายนอกที่เข้ามาใช้บริการในทุกระดับ ไม่ว่าจะเป็นการจัดให้มีทางลาดสำหรับรถเข็นคนพิการ บันได สำหรับทางเดินเท้าที่สะดวกสบาย เป็นต้น ตัวอย่างเช่น อาคารศูนย์การเรียนรู้มหิดล อาคารอทิตยาทร วิทยาลัยนานาชาติ อาคารพัฒนาวิชาชีพดนตรีสู่ความเป็นเลิศ วิทยาลัยดุริยางคศิลป์
ในการสนับสนุนการดำเนินงานตามนโยบายของมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ และเพื่อเป็นการพัฒนาคุณภาพชีวิตของนักศึกษาและบุคลากรนั้น มหาวิทยาลัยมหิดลได้ส่งเสริมให้มีการเพิ่มพื้นที่สีเขียวโดยรอบและบริเวณอาคารต่าง ๆ ผ่านการออกแบบเชิงโครงสร้างให้สามารถรองรับการปรับปรุงสภาพภูมิทัศน์ของอาคารด้วยการปลูกต้นไม้บริเวณรอบอาคาร บนอาคาร และในอาคารได้ นอกจากนี้ยังได้ดำเนินการจัดโครงการประกวดสวนมุมสวยเพื่อส่งเสริมให้ส่วนงานต่าง ๆ มีส่วนร่วมในปรับปรุงสภาพภูมิทัศน์ของมหาวิทยาลัย นอกจากจะเป็นการเพิ่มพื้นที่สีเขียวแล้ว ยังช่วยลดมลพิษโดยเพิ่มการดูดซับก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ด้วย