มหาวิทยาลัยมหิดลมีการจัดการน้ำอย่างเป็นระบบ สำหรับน้ำสะอาดเพื่อการอุปโภคบริโภคมหาวิทยาลัยได้ติดตั้งตู้น้ำดื่มอัตโนมัติไว้ 4 จุด รอบมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ได้แก่ อาคารสิริวิทยา จำนวน 1 ตู้ อาคารศูนย์การเรียนรู้มหิดล จำนวน 4 ตู้ อุทยานธรรมชาติวิทยาสิรีรุกขชาติ จำนวน 1 ตู้ และอาคารสำนักงานอธิการบดี จำนวน 2 ตู้ ให้บุคลากรและนักศึกษามีน้ำดื่มที่สะอาดผ่านการตรวจมาตรฐาน ปีละ 2 ครั้งและได้รับรองมาตรฐานน้ำดื่มสะอาดไร้สิ่งเจือปนและสารพิษอันตราย NSF 61 โครงการนี้สามารถช่วยลดปริมาณขยะขวดพลาสติกจากการซื้อน้ำบริโภคได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยได้วางระบบบำบัดน้ำเสียแบบ Activated Sludge ที่ได้รับการรับรองมาตรฐานตามกฎหมายของกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมมีโครงการวางท่อระบบจ่ายน้ำรีไซเคิลเพื่อให้หน่วยงานต่าง ๆ ได้นำน้ำเสียที่ผ่านกระบวนการบำบัดกลับมาใช้อีก ซึ่งระหว่างปี พ.ศ. 2562 - 2564 สามารถประหยัดน้ำไปกว่า 33,594 ลูกบาศก์เมตร สามารถคิดเป็นจำนวนเงิน 707,124 บาท และเพื่อให้ระบบระบายน้ำไหลสะดวก ไม่มีน้ำท่วมขัง จึงมีการจ้างลอกท่อระบบระบายน้ำฝน ทุก 2 ปี พร้อมติดตั้งอุปกรณ์วัดระดับน้ำฝนและมีสถานีเพื่อสูบระบายน้ำฝนถึง 3 แห่ง ได้แก่ อาคารชลศาสตร์ 1 (ทิศเหนือ) อาคารวิศวกรรมศาสตร์ อาคารชลศาสตร์ 2 (ทิศใต้) สำหรับคูคลองต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยนั้นมาจากน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดแล้วโดยทางมหาวิทยาลัย จะทำการตรวจวัดน้ำผิวดินเป็นประจำทุกเดือน โดยวัดค่าออกซิเจนในน้ำ (ค่า DO) ค่าความเป็นกรด – ด่าง (ค่า PH) ค่าวัดความเน่าเสียจากน้ำที่ใช้อุปโภคบริโภคที่ถูกทิ้งลงสู่แหล่งน้ำสาธารณะหรือจากเศษใบไม้ (ค่า BOD) ซึ่งจากการตรวจเป็นประจำทุกเดือน พบว่าไม่เคยมีค่าเกินมาตรฐาน ในปี พ.ศ. 2560 ได้มีการนำเทคโนโลยีต่าง ๆ เข้ามาปรับใช้กับระบบน้ำภายในมหาวิทยาลัยเนื่องจากในอดีตมีท่อประปาแตกรั่วบริเวณทางเข้าอาคารวัคซีน ทำให้เกิดการสูญเสียน้ำประปาปริมาณมาก และทำให้ไม่สามารถจ่ายน้ำประปาเข้าสู่ท่อเมนรับน้ำประปาเพื่อจ่ายให้ทุกหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยได้ จึงได้มีโครงการปรับปรุงระบบท่อจ่ายน้ำประปาให้เป็นระบบวงแหวน (Ring Loop System) โดยวางท่อจ่ายน้ำประปาและบ่อวาล์วควบคุมการเปิด-ปิดน้ำประปาเพิ่มอีก 7 บ่อ รวมทั้งสิ้น 23 บ่อ และได้จัดทำโครงการวางท่อหลักที่ผลิตมาจากพลาสติกประเภทพอลิเอทิลีนที่มีค่าความหนาแน่นสูง High Density Polyethylene (HDPE) เพื่อรับน้ำประปาจากการประปาส่วนภูมิภาค เพื่อทดแทนท่อจ่ายน้ำประปาเดิม และติดตั้งมาตรวัดน้ำประปาดิจิตอลที่ทำให้สามารถติดตาม ตรวจสอบข้อมูลการใช้ปริมาณน้ำผ่านระบบออนไลน์ที่เที่ยงตรงได้ หากมีปริมาณน้ำที่ใช้ผิดปกติระบบจะสามารถแจ้งเตือนได้อย่างรวดเร็ว และยังทำให้สามารถนำข้อมูลที่ได้รับมาใช้ประโยชน์ในการวางแผนการบริหารการใช้น้ำอย่างยั่งยืนต่อไปในอนาคตอีกด้วย