บึงบอระเพ็ดเป็นพื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระดับนานาชาติ และเป็นบึงน้ำจืดใหญ่ที่สุดในประเทศไทย มีความหลากหลายทางชีวภาพทางด้านพรรณพืช สัตว์น้ำ และสัตว์ป่า หน่วยงานภาครัฐได้ส่งเสริมการใช้พื้นที่เพื่อบำรุงพันธุ์สัตว์น้ำ รวมทั้งได้การประกาศเขตห้ามล่าสัตว์ป่าในพื้นที่บึงบอระเพ็ด แต่ด้วยการก่อสร้างบึงซึ่งเป็นพื้นที่ที่มีคนอาศัยอยู่ก่อน ทำให้ชาวบ้านต้องย้ายขึ้นมาอยู่รอบๆ ที่ผ่านมาบึงบอระเพ็ดมีปัญหาทับซ้อนหลายด้าน เช่น ขอบเขตบึงไม่ชัดเจน การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ การบุกรุกพื้นที่ การใช้ประโยชน์พื้นที่ทับซ้อน สิ่งแวดล้อมที่เสื่อมโทรม การบริหารจัดการที่ไม่เป็นเอกภาพ และความไม่เข้าใจกันของทุกภาคส่วน เป็นต้น คณะรัฐมนตรี จึงมีมติเห็นชอบแผนหลักการพัฒนาและฟื้นฟูบึงบอระเพ็ด จ.นครสวรรค์ ในปี พ.ศ. 2562

การใช้น้ำในบึงบอระเพ็ด มีการนำน้ำไปใช้ประโยชน์ในการทำประมง การดึงน้ำไปใช้ทำการเกษตรกรรม การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การท่องเที่ยว รวมถึงน้ำอุปโภคบริโภค แต่เนื่องจากสภาพบึงบอระเพ็ดมีสภาพคล้ายจานข้าวทำให้เก็บน้ำไว้ได้ไม่มาก ทำให้มีการแย่งใช้ทรัพยากรกันอย่างเข้มข้นโดยเฉพาะในช่วงข้าวราคาดีมีการดึงน้ำไปทำนาย้อนกลับขึ้นที่สูงด้วยระยะทางกว่า 30 กิโลเมตร จนเกิดข้อพิพาทในการแย่งน้ำระหว่างชาวนาและคนหาปลารวมถึงระหว่างชาวนาด้วยกันเอง จนทำให้ฤดูแล้งเกือบทุกปีจะมีน้ำดิบไม่เพียงพอสำหรับการทำประปาหมู่บ้าน ส่งผลให้คุณภาพชีวิตของประชาชนในบึงบอระเพ็ดไม่มีน้ำอุปโภค รวมทั้งระบบสิ่งแวดล้อมเสื่อมโทรม ตะกอนดินที่ไหลจากพื้นที่ต้นน้ำ การทับถมของวัชพืช และการปลดปล่อยน้ำจากการไถพรวนของนาข้าวรอบบึงบอระเพ็ด ทำให้บึงที่ทำหน้าที่เก็บน้ำมีความตื้นเขิน เก็บน้ำได้ไม่เต็มประสิทธิภาพ หน่วยงานภาครัฐได้มีการแนวทางในการแก้ไขปัญหาด้วยการขุดลอกตะกอนดิน และมีการสูบน้ำด้วยไฟฟ้าจากแม่น้ำน่านเข้าสู่บึงบอระเพ็ดเพื่อรักษาระบบนิเวศในพื้นที่ อย่างไรก็ตาม ชาวนาบริเวณคลองส่งน้ำได้สูบน้ำไปใช้ทำการเกษตรส่งผลให้น้ำไม่สามารถเข้าสู่บึงบอระเพ็ดได้อย่างเต็มที่ ด้วยการที่น้ำมีปริมาณจำกัด แต่มีความต้องการใช้จากเกษตรกรหลายกลุ่มในการทำการเกษตร ทำให้เกิดการแย่งน้ำในลำคลองสาขา ดังนั้นปัญหาการใช้น้ำและการแย่งน้ำที่เกิดขึ้นในบึงบอระเพ็ดจึงเป็นปัญหาหลักที่เกิดขึ้นในช่วงปี 2560 จนถึงปัจจุบัน หากไม่มีการแก้ไขปัญหาจะส่งผลทำให้เกิดการทะเลาะวิวาท การขาดความสามัคคีในชุมชน และระบบสิ่งแวดล้อมเสื่อมโทรมลงจนสู่ขั้นวิกฤติได้ ต่อมาจึงมีการจัดตั้ง "องค์กรผู้ใช้น้ำ" จากนั้นขึ้นทะเบียนการบริหารจัดการน้ำร่วมกับเครือข่ายบึงบอระเพ็ด โดยองค์กรผู้ใช้น้ำจะมีข้อมูลปัญหาและสถานการณ์น้ำ เพื่อแก้ไขปัญหาภัยแล้งในฤดูทำนาข้าว รวมทั้งเจรจากับเกษตรกรในการบริหารจัดการน้ำในแต่ละพื้นที่ร่วมกัน

โครงการจัดตั้งวิทยาเขตนครสวรรค์ มหาวิทยาลัยมหิดล ได้เข้ามามีบทบาทในการสนับสนุนข้อมูลทางวิชาการ การวิจัย และการบริการวิชาการ ผ่านการทำงานของศูนย์วิจัยและฝึกอบรมบึงบอระเพ็ด เพื่อให้เกิดการใช้ประโยชน์จากแหล่งน้ำ ทั้งในด้านการเกษตร การประมง และการท่องเที่ยวได้อย่างยั่งยืน  โดยมีการดำเนินงานอย่างต่อเนื่อง ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2556-2565 ซึ่งมีการศึกษาและการรวบรวมข้อมูลเพื่อจัดทำฐานข้อมูลออนไลน์ให้ทุกภาคส่วนสามารถเข้าถึงได้ มีการร่วมทำงานวิจัยด้านการใช้ประโยชน์พื้นที่ชุ่มน้ำบึงบอระเพ็ด ลงพื้นที่อย่างต่อเนื่องเพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้และสร้างความร่วมมือกับเครือข่ายชุมชนในพื้นที่ และทำงานร่วมกับเครือข่ายองค์กรผู้ใช้น้ำ 9 ตำบล ในการแก้ไขปัญหาภัยแล้ง การผันน้ำในการทำการเกษตรเพื่อไม่ให้ส่งผลกระทบต่อการใช้น้ำอุปโภคบริโภคและส่งผลกระทบต่อสัตว์ป่าในกรณีน้ำเหือดแห้งในฤดูแล้ง จัดทำข้อเสนอเชิงนโยบาย รวมทั้งจัดทำแผนพัฒนาและฟื้นฟูบึงบอระเพ็ดเร่งด่วนระยะ 3 ปี โดยได้รับงบประมาณจากภาครัฐในการดำเนินโครงการแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น ต่อมาจึงมีการแบ่งปันข้อมูล การวิเคราะห์สถานการณ์ เพื่อนำไปสู่การแก้ไขปัญหา เช่น การใช้ภาพถ่ายดาวเทียมเพื่อประเมินสถานการณ์น้ำท่วม การรักษาระดับน้ำบนฐานข้อมูลวิชาการ เป็นต้น

การขับเคลื่อนการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่ชุ่มน้ำบึงบอระเพ็ดด้วยการรับฟังความคิดเห็น การสร้างการรับรู้ การสร้างความร่วมมือ และการทำงานร่วมกันในการบริหารจัดการน้ำ ซึ่งเป็นนวัตกรรมประชาธิปไตยในการแก้ไขปัญหาเชิงพื้นที่ และสามารถเป็นต้นแบบให้กับพื้นที่อื่นๆ ต่อไป โดยในช่วงปี พ.ศ. 2565-2567 ได้สร้างระบบการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่ชุ่มน้ำบึงบอระเพ็ดอย่างมีส่วนร่วม ซึ่งได้รับทุนสนับสนุนจากโครงการขับเคลื่อนนโยบายชี้นำสังคม มหาวิทยาลัยมหิดล