จากสถานการณ์ด้านความหลากหลายทางชีวภาพของประเทศไทย ที่มีแนวโน้มถูกคุกคามเพิ่มขึ้น ซึ่งจะส่งผลต่อระบบนิเวศในวงกว้างนั้น มหาวิทยาลัยมหิดล ผู้นำแนวคิดมหาวิทยาลัยสีเขียว (Green University) หรือมหาวิทยาลัยเชิงนิเวศ (Eco University) จึงได้ให้ความสำคัญตั้งแต่จุดเริ่มต้นของการอนุรักษ์ระบบนิเวศและทรัพยากรทางธรรมชาติ ด้วยการพัฒนาผังแม่บทของมหาวิทยาลัยตามแนวคิดเมืองแห่งการเรียนรู้และอยู่ร่วมกันกับธรรมชาติ โดยอนุรักษ์พื้นที่สีเขียวและระบบนิเวศของพื้นที่ให้มีสภาพเป็นธรรมชาติเดิมให้มากที่สุด เพื่อลดความเสื่อมโทรมของธรรมชาติ การพัฒนาพื้นที่ว่างให้เป็นพื้นที่สีเขียว เพื่อเป็นพื้นที่แห่งการเรียนรู้หรือพื้นที่จัดกิจกรรมนันทนาการต่าง ๆ ภายในมหาวิทยาลัย นอกจากนี้ยังส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินกิจกรรมที่มีการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและความหลากหลายทางชีวภาพด้วย ทั้งนี้ เพื่อเป็นการตอบสนองต่อเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนเป้าหมายที่ 15