มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญกับการให้โอกาสนักศึกษาที่ขาดแคลนทุนทรัพย์ โดยเฉพาะผู้ที่เป็นบุตรคนแรกของครอบครัวที่มีรายได้ต่ำ ให้สามารถเรียนจนจบการศึกษา จากมหาวิทยาลัยมหิดลและมีโอกาสทำงานในองค์กรที่มั่นคง สามารถสร้างรายได้เลี้ยงดูครอบครัวให้มีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นต่อไปได้ โดยมหาวิทยาลัยมหิดลให้ทุนการศึกษาสำหรับนักศึกษาที่ขาดแคลนทุนทรัพย์อย่างแท้จริง ประจำปีการศึกษา 2564 กว่า 332 ทุน เป็นจำนวนเงินกว่า 16,600,000 บาท โดยแบ่งออกเป็น 2 ประเภท คือ ทุนการศึกษาต่อเนื่องสำหรับนักศึกษาชั้นปีที่ 2 ขึ้นไป อัตราทุนละ 50,000 บาท ต่อปีการศึกษา จำนวน 48 ทุน ทุนการศึกษารายปี สำหรับนักศึกษาทุกชั้นปี อัตราทุนละ 50,000 ต่อปีการศึกษา จำนวน 284 ทุน และยังมีทุนประเภทอื่น ๆ ให้แก่นักศึกษา เช่น ทุนสนับสนุนการศึกษา ทุนช่วยเหลือและสนับสนุนกรณีพิเศษ ทุนสวัสดิการ เพื่อช่วยเหลือนักศึกษาของมหาวิทยาลัยอย่างครอบคลุมทุกวิทยาเขต และทางมหาวิทยาลัยยังมีสวัสดิการต่าง ๆ เช่น ทุนอาหารกลางวัน หอพักราคาถูก รถรางรับ-ส่ง รวมทั้งมีบริการด้านการรักษาพยาบาลครอบคลุม ทั้งการรักษาโรคทั่วไป ทางร่างกาย ทางจิตใจ ทางทันตกรรม ให้กับนักศึกษาทุกคน ซึ่งเป็นการช่วยลดภาระค่าใช้จ่ายทางด้านการศึกษาของบุตรให้แก่ผู้ปกครอง และสำหรับนักศึกษาที่ต้องการหารายได้เสริมในเวลาว่างนั้น ทางมหาวิทยาลัยก็มีทุนนักศึกษาช่วยงาน โดยให้ค่าจ้างชั่วโมงละ 40 บาท หรือ วันละ 300 บาท ซึ่งสามารถช่วยแบ่งเบาภาระของผู้ปกครองได้ในระดับหนึ่ง ทางมหาวิทยาลัยมหิดลยังได้เล็งเห็นถึงปัญหาด้านหนี้สินของเกษตรกร ซึ่งเป็นต้นเหตุ ของความยากจน จึงได้มีโครงการต่าง ๆ เพื่อช่วยเหลือเกษตรกรในการลดปัจจัยที่ก่อให้เกิดหนี้สิน ได้แก่ การจัดอบรมเชิงปฏิบัติการให้กับผู้ประกอบการ SMEs ด้านการเกษตรผ่านโครงการพัฒนาผู้ประกอบการใหม่ Start Up, Early Stage เพื่อช่วยเพิ่มทักษะในการวางแผนการบริหารจัดการของเกษตรกร และการจัดกิจกรรมสร้างเครือข่ายผู้ผลิตข้าวอินทรีย์มหิดลก่อให้เกิดมาตรฐานข้าวอินทรีย์มหิดล เพื่อเพิ่มความมั่นใจของผู้บริโภค นอกจากการให้ความช่วยเหลือเพื่อลดความยากจนภายในมหาวิทยาลัย และในระดับชุมชนแล้ว ทางมหาวิทยาลัยมหิดลยังมีส่วนให้ความช่วยเหลือนักศึกษาจากประเทศรายได้น้อย ดังเช่น การเป็นส่วนหนึ่งของโครงการพระราชทานความช่วยเหลือแก่ราชอาณาจักรกัมพูชา ตามแนวพระราชดำริของสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ที่ได้ให้ทางมหาวิทยาลัยทำหน้าที่ดำเนินการช่วยเหลือทางด้านทุนการศึกษาแก่นักศึกษา จากราชอาณาจักรกัมพูชาที่ขาดแคลนทุนทรัพย์จำนวน 29 คน ให้เข้ามาศึกษาต่อในระดับปริญญาตรีที่มหาวิทยาลัยมหิดล ประจำปีการศึกษา 2561 - 2564