มหาวิทยาลัยมหิดลมีนโยบายบริหารจัดการขยะ และสนับสนุนการใช้ผลิตภัณฑ์และบริการที่ได้รับการรับรองฉลากมาตรฐานสิ่งแวดล้อม เพื่อจัดการอย่างเป็นระบบและมีประสิทธิภาพทั้งภายในมหาวิทยาลัยและชุมชนโดยรอบ ด้วยแนวคิดเศรษฐกิจหมุนเวียนเพื่อลดของเสียที่เกิดจากปลายทางให้มากที่สุด จึงได้ดำเนินโครงการ Mahidol No Plastic ซึ่งช่วยลดปริมาณถุงพลาสติกในระหว่างปี พ.ศ. 2559 – 2563 ได้มากถึง 8,645,604 ใบ และปริมาณขวดพลาสติก 216,875 ขวดในปี พ.ศ. 2563 จากการใช้ตู้กดน้ำ เป็นการลดการใช้พลาสติกอย่างมีประสิทธิภาพ มีการจัดตั้งโครงการธนาคารขยะรีไซเคิล และธนาคาร ทิ้ง ไซเคิล ที่สามารถเปลี่ยนขยะให้เกิดมูลค่าทางเศรษฐกิจได้ เพื่อช่วยปรับแนวคิดและพฤติกรรมในการคัดแยกขยะให้แก่นักศึกษา บุคลากร และบุคคลทั่วไป ซึ่งส่งผลให้สภาพภูมิทัศน์ภายในมหาวิทยาลัยดีขึ้น ลดมลพิษทางสิ่งแวดล้อมได้ และการเพิ่มมูลค่าขยะด้วยโครงการ We Turn ที่ผลิตเสื้อโปโลจากขวดพลาสติก ที่ดำเนินการผลิตไปแล้ว 400 ตัวจากขวดพลาสติก 8,000 ขวด ซึ่งถือว่าเป็นต้นแบบที่ทำได้จริง และไม่สร้างผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ซึ่งถือว่าเป็นการใช้ประโยชน์อย่างคุ้มค่าที่สุด ในภาคประชาคม ได้มีการดำเนินโครงการ Mahidol Eco Town ซึ่งช่วยส่งเสริมการทำงานร่วมกับชุมชนจากการนำโมเดลโครงการธนาคารขยะรีไซเคิลไปขยายต่อและให้ความรู้เพื่อปลูกฝังจิตสำนึกในการคัดแยกขยะให้เยาวชน โดยมีโรงเรียนเข้าร่วมโครงการ 33 โรงเรียน จากจำนวนเครือข่ายโรงเรียน แสดงให้เห็นว่าโครงการนี้เป็นที่ยอมรับและเกิดการขยายเครือข่ายได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังมีการผลิตปุ๋ยหมักจากเศษพืชด้วยระบบกองเติมอากาศที่ทดแทนการเผาทำลายที่ได้รับมาตราฐานเกษตรอินทรีย์ โดยผลิตไปแล้ว 323,910 กิโลกรัม รวมถึงการผลิตน้ำหมักชีวภาพที่ช่วยบำบัดน้ำเสียและขจัดกลิ่นเหม็น ทำให้ลดต้นทุนการดูแลรักษาและสร้างรายได้จากการจำหน่ายได้ และยังใช้เป็นแหล่งเรียนรู้ให้แก่หน่วยงานต่าง ๆ และบุคคลทั่วไปที่สนใจ ทางมหาวิทยาลัยตระหนักถึงสิ่งแวดล้อมเสมอจึงมีการบำบัดน้ำเสียทางชีวภาพที่ได้มาตรฐานตามกรมควบคุมมลพิษก่อนปล่อยลงสู่แหล่งน้ำธรรมชาติ และมีการใช้น้ำรีไซเคิลแทนในปริมาณ 7,266 ลูกบาศก์เมตร ที่นำไปใช้ในกิจกรรมต่าง ๆ เช่น รดน้ำต้นไม้ ล้างรถบัส เป็นต้น ส่งผลให้เกิดการลดค่าใช้จ่ายน้ำประปาได้สร้างระบบจัดการของเสียและการรีไซเคิลอย่างเป็นระบบและการผลิตอย่างยั่งยืน