มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญด้านสิทธิมนุษยชนและการสร้างสันติภาพในสังคมทั้งในระดับมหาวิทยาลัย ระดับประเทศ และระดับนานาชาติ โดยเป็นหนึ่งในพันธกิจหลักที่มหาวิทยาลัยให้การสนับสนุนและส่งเสริมความร่วมมือด้านสิทธิมนุษยชนและการสร้างสันติภาพ ได้จัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนและ สันติศึกษาในปี พ.ศ. 2541 ในฐานะสถาบันวิชาการที่เชี่ยวชาญด้านสิทธิมนุษยชน มีการเปิดหลักสูตรการเรียนการสอนและบรรจุรายวิชาแนวคิดด้านสิทธิมนุษยชนและการจัดการความขัดแย้งโดยสันติวิธี ให้นักศึกษาทุกสาขาวิชาได้เลือกเรียนในหมวดวิชาทั่วไป มีการผลิตผลงานวิชาการ และจัดโครงการอบรมต่าง ๆ ให้กับ บุคลากรด้านสิทธิมนุษยชน นักปกป้องสิทธิมนุษยชน สมาชิกองค์กรภาคประชาสังคม และเจ้าหน้าที่ภาครัฐ ในปี พ.ศ 2547 สถาบันสิทธิมนุษยชนและสันติศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล ได้ร่วมเป็นส่วนหนึ่งของการหาทางออกอย่างสันติให้กับความขัดแย้งต่าง ๆ ในประเทศไทย โดยเฉพาะความขัดแย้งในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส) ที่เผชิญกับความรุนแรงยืดเยื้อตั้งแต่ปี พ.ศ. 2547 โดยมุ่งเน้นส่งเสริมความร่วมมือกันของทุกฝ่ายเพื่อรับมือความขัดแย้ง ตลอดจนการดำเนินกิจกรรมโดยการเปิดพื้นที่การเสวนาในทุกระดับ เพื่อกำหนดนโยบายสาธารณะร่วมกัน โดยการนำผลการศึกษาและข้อเสนอแนะมาดำเนินการเป็นโครงการเพื่อนรักต่างศาสนา: ผู้นำถักทอสันติภาพและความปรองดองในสังคมไทย เพื่อขับเคลื่อนนโยบายชี้นำสังคมในรูปแบบโครงการภาคสนามในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนใต้ โดยใช้เรื่องสุขภาพซึ่งเป็นจุดแข็งของมหาวิทยาลัยร่วมกับบุคลากรทางศาสนา อาสาสมัครทางการแพทย์ และสาธารณสุขมาช่วยขับเคลื่อนงานเพื่อสร้างความเข้าใจและปรองดอง ผลจากการดำเนินงานสามารถสร้างเครือข่ายเพื่อนสนิท (Buddy) ระหว่างผู้นำสองศาสนาทำงานร่วมกันในพื้นที่ทั้งหมด 12 คู่ ในพื้นที่เชิงยุทธศาสตร์มากกว่า 38 แห่ง มีการจัดทำข้อเสนอเชิงนโยบายเพื่อความปรองดองในสังคมและรายงานวิธีการจัดการกระบวนการเชิงลึก 3 ภาษา จัดทำหนังสือเรื่องเล่าเพื่อนรักต่างศาสนาเผยแพร่แหล่งเรียนรู้ในพื้นที่ชุมชนสามจังหวัดชายแดนใต้ สถาบันการศึกษาทั่วประเทศ รวมไปถึงสร้างเพจ Interfaith Buddy for Peace เพื่อสื่อสารกิจกรรมและรณรงค์เรื่องการสร้างความปรองดองในโลกออนไลน์ นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยมหิดลยังให้ความสำคัญกับสิทธิเด็ก โดยคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ทำการวิจัยเรื่องผลกระทบของการชกมวยต่อสมองของนักมวยเด็ก และได้นำไปสู่การแก้ไขพระราชบัญญัติมวยไทย 2561 โดยห้ามเด็กที่มีอายุต่ำกว่า 12 ปีเข้าร่วมการแข่งขันใด ๆ ในกรณีเด็กอายุระหว่าง 12-14 ปี จะต้องมีใบอนุญาตจากนายทะเบียนก่อนเข้าร่วมการแข่งขันใด และมีโครงการขยายผลพิเคราะห์เหตุการตายในเด็กของสถาบันแห่งชาติเพื่อการพัฒนาเด็กและครอบครัว ได้นำเสนอผลการวิจัยและข้อมูลสถิติ นำไปสู่การกำหนดนโยบายเพื่อลดอัตราการตายของเด็กได้ 4 นโยบาย จาก 3 ประเด่นที่ค้นพบ ดังนี้ 1. นโยบายการลดการตายของเด็กเล็กจากการโดยสารรถยนต์ นำไปสู่กฎหมายบังคับใช้ที่นั่งนิรภัย (Car Seat) สำหรับเด็กเล็ก ในพระราชบัญญัติจราจรทางบก (ฉบับที่ 13) 2. นโยบายลดการตายจากการขับขี่ก่อนวัยของวัยรุ่นก่อน 15 ปี 3. นโยบายอัตราการตายจากการจมน้ำในเด็ก ต้องน้อยกว่า 2/100000 คน 4. นโยบายจากการพิเคราะห์เหตุการตาย สู่การป้องกันการตายของเด็กและเยาวชน ในพื้นที่จังหวัดอำนาจเจริญ