มหาวิทยาลัยมหิดลมีนโยบายในการพัฒนาระบบการบริหารจัดการองค์กรที่มีประสิทธิภาพและเป็นไปตามหลักธรรมาภิบาล เพื่อการบริการจัดการองค์กรอย่างยั่งยืนเพื่อมุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำระดับโลก (World Class University) และเข้าร่วมการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity & Transparency Assessment: ITA) ของสำนักงานคณะกรรมการปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) เพื่อให้การขับเคลื่อนระบบธรรมาภิบาล และการดำเนินงานเกี่ยวกับประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยมหิดล (Integrity & Transparency Assessment: ITA) เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ จึงมีการกำหนดวิสัยทัศน์ พันธกิจ และเป้าประสงค์เชิงยุทธศาสตร์ ดังนี้

วิสัยทัศน์

มหาวิทยาลัยมหิดลโปร่งใส ร่วมใจต้านการทุจริต

พันธกิจ

(1) สร้างวัฒนธรรมสุจริต

(2) ป้องกันการทุจริตอย่างมีประสิทธิภาพ

(3) ปราบปรามการทุจริตอย่างมีประสิทธิภาพ

เป้าประสงค์เชิงยุทธศาสตร์

เป็นมหาวิทยาลัยที่ปลอดจากการทุจริต (Zero Corruption University)

เป้าประสงค์ที่ 1 ส่งเสริมค่านิยมสุจริต

เป้าประสงค์ที่ 2 พัฒนาระบบป้องกันการทุจริตที่มีประสิทธิภาพ

เป๋าประสงค์ที่ 3 ปราบปรามการทุจริตอย่างมีประสิทธิภาพ

เพื่อให้การดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์ตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมหิดล จึงมีคณะกรรมการขับเคลื่อนระบบธรรมาภิบาล เพื่อเสนอนโยบาย มาตรการ วางระบบและดำเนินงานเกี่ยวกับการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งแต่ต้นน้ำถึงปลายน้ำ (ต้นน้ำ หมายถึง การสร้างค่านิยมสุจริต กลางน้ำ หมายถึง การพัฒนาระบบการดำเนินงานเพื่อป้องกันการทุจริต, ปลายน้ำ หมายถึง การปราบปรามผู้กระทำการทุจริต)

มหาวิทยาลัยมหิดล มีการดำเนินกิจกรรมส่งเสริมธรรมาภิบาลมาโดยตลอด อาทิเช่น การจัดทำ แผนปฏิบัติการป้องกันและปราบปรามการทุจริตของมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ.2562-พ.ศ.2565 เพื่อใช้เป็นแนวทางในการดำเนินงานเพื่อการป้องกันและปราบปรามการทุจริตของมหาวิทยาลัย การประกาศนโยบายไม่รับของขวัญและของกำนัลจากการปฏิบัติหน้าที่ (No Gift Policy) เพื่อส่งเสริมค่านิยมองค์กร “I Integrity มั่นคงยิ่งในคุณธรรม” ให้ความสำคัญกับความเสี่ยงที่อาจก่อให้เกิดการทุจริตในทุกรูปแบบภายใต้หลักการดำเนินงานตามหลักธรรมาภิบาลเพื่อเป็นองค์กรที่เข้มแข็งและยั่งยืน การอบรมให้ความรู้และการขยายผลการพัฒนาธรรมาภิบาลไปยังส่วนงานและหน่วยงานในสังกัดโดยใช้เกณฑ์การประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (ITA) ของสำนักงาน ป.ป.ช.ส่งผลให้ส่วนงานและหน่วยงานต่าง ๆ จะต้องมีการจัดทำแผนป้องกันการทุจริตซึ่งจะส่งผลให้มหาวิทยาลัยมีการดำเนินการในเรื่องการป้องกันและปราบปรามการทุจริตมีประสิทธิภาพและประสิทธิผลยิ่งขึ้น