มหาวิทยาลัยมหิดลได้ดำเนินการขับเคลื่อนมหาวิทยาลัยสู่การพัฒนาอย่างยั่งยืน โดยคำนึงถึงการใช้พลังงานอย่างคุ้มค่า ภายใต้นโยบายการส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน และนโยบายการปล่อยก๊าซเรือนกระจกสุทธิเป็นศูนย์ ด้วยการใช้รถรางไฟฟ้าจากพลังงานสะอาดหมุนเวียนภายในวิทยาเขตศาลายา จำนวน 16 คัน แบ่งออกเป็น 4 สายโดยมี MU Tram แอปพลิเคชันเพื่อใช้ดูตารางเวลารถ ซึ่งจะออกในทุก ๆ 10 นาที ช่วยอำนวยความสะดวกในการขนส่งภายในมหาวิทยาลัยโดยไม่มีค่าใช้จ่าย โครงการจักก้าเซ็นเตอร์ที่สนับสนุน การขี่จักรยานเพื่อลดมลพิษ และลดพื้นที่จราจรโดยการเพิ่มพื้นที่ ทางเท้า และจักรยานเพิ่มมากขึ้น โดยมีจักรยานให้บริการ กว่า 7,000 คัน ซึ่งมีนักศึกษา และบุคลากร ใช้งานในช่วงเวลาการเปลี่ยนสถานที่เรียนหรือส่วนงานต่าง ๆ และใช้ ในการออกกำลังกายในช่วงเย็น และยังมีอาคารประหยัดพลังงาน ได้แก่ อาคารศูนย์การเรียนรู้มหิดล ที่ได้รับรองรางวัล Thailand Energy Awards และรางวัล ASEAN Energy Awards ประเภท Tropical Building และ อาคารอทิตยาทร ในประเภท Conservation in Building Control เป็นการออกแบบที่ลดการใช้พลังงานเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการใช้พลังงานจากธรรมชาติให้เกิดประโยชน์สูงสุด โดยที่คณาจารย์ เจ้าหน้าที่ นักศึกษา และชุมชนโดยรอบสามารถเข้าถึงพลังงานและใช้งานได้ง่ายมากขึ้น รวมทั้งการติดตั้ง Solar Rooftop ในวิทยาเขตศาลายา พญาไท และกาญจนบุรี จำนวน 10 แห่ง ซึ่งผลิตพลังงานไฟฟ้าไปแล้วกว่า 142.62 กิโลวัตต์ ในอนาคตจะมีการติดตั้งเพิ่มอีก 32 กิโลวัตต์ให้ครอบคลุมทั้งวิทยาเขตศาลายา เพื่อส่งเสริมการเป็นสังคมคาร์บอนต่ำ ที่ช่วยลดการใช้พลังงานจากเชื้อเพลิงฟอสซิล และช่วยลดค่าใช้จ่ายด้านพลังงานไฟฟ้าของมหาวิทยาลัย และมีพลังงานใช้อย่างต่อเนื่องด้วย นอกจากนี้ ยังมีโครงการผลิตน้ำมันไบโอดีเซลจากน้ำมันพืชใช้แล้วที่วิทยาเขตศาลายา ซึ่งจะได้น้ำมันไบโอดีเซลประมาณ 80% ของน้ำมันพืชใช้แล้ว ซึ่งสามารถใช้เป็นพลังงานทดแทนได้ประมาณ 21,829.39 กิโลวัตต์ต่อชั่วโมง ต่อปี ซึ่งสามารถใช้กับรถขนของภายในมหาวิทยาลัยได้ จึงช่วยลดต้นทุนของวัตถุดิบในการผลิตเชื้อเพลิงได้ดี ส่งผลให้เกิดการนำกลับมาใช้ใหม่ ช่วยลดปัญหาด้านสิ่งแวดล้อมและสร้างระบบการจัดการน้ำมันใช้แล้วอย่างยั่งยืน ส่งเสริมให้เกิดสัดส่วนการใช้พลังงานสะอาดในมหาวิทยาลัย เพิ่มสูงขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ