บรรลุความเสมอภาคระหว่างเพศและเสริมพลังแก่สตรีและเด็กหญิงทุกคน
ความเท่าเทียมทางเพศไม่ใช่เพียงสิทธิมนุษยชนขั้นพื้นฐาน แต่มีความสำคัญในการขับเคลื่อนสังคมสันติภาพและความเจริญรุ่งเรืองเพื่อการพัฒนายั่งยืน มหาวิทยาลัยมหิดลให้ความสำคัญกับการส่งเสริมและพัฒนากิจกรรมทางวิชาการ การวิจัย และโครงการต่าง ๆ โดยเฉพาะการส่งเสริมบทบาททางสังคมของสตรี และเด็กผู้หญิง การส่งเสริมสุขภาวะ และการอยู่ภายใต้ความรุนแรงของบุคลากรมหาวิทยาลัย นิสิตนักศึกษา และชุมชนโดยรอบ มหาวิทยาลัยมหิดลยังให้ความสำคัญกับการเข้าถึงโอกาสทางการศึกษาและการทำงานในมหาวิทยาลัย โดยต้องไม่ถูกเลือกปฏิบัติทางเพศเป็นเงื่อนไขในการรับเข้าศึกษาหรือทำงาน รวมทั้งโอกาสในการศึกษาต่อและการเติบโตในหน้าที่การงานต่อไปอย่างเท่าเทียมโดยใช้เกณฑ์หลักความสามารถ มหาวิทยาลัยมหิดลได้จัดตั้งศูนย์ความเป็นเลิศด้านการวิจัยเพศภาวะ เพศวิถีและสุขภาพ เมื่อปี พ.ศ.2562 เป็นองค์กรที่เน้นการใช้แนวความคิดเชิงบูรณาการ โดยเฉพาะการใช้ฐานคิดทางด้านเพศภาวะ เพศวิถีในการศึกษาวิจัยประเด็นสุขภาพ เพื่อทำให้สังคมบรรลุถึงสุขภาพ สิทธิทางเพศ อนามัยการเจริญพันธุ์ ความเสมอภาค และความเป็นธรรม มีการทำงานร่วมกันกับเครือข่ายของนักวิชาการ นักศึกษาประชาสังคมในภาคส่วนต่าง ๆ ทั้งในระดับพื้นที่ ระดับประเทศ ภูมิภาค และนานาชาติ เพื่อสร้างความรู้และนำเสนอปัญหาสุขภาพ สิทธิทางเพศ อนามัยการเจริญพันธุ์ ความไม่เป็นธรรมและไม่เสมอภาคทางเพศ มหาวิทยาลัยมหิดลไม่ได้ให้ความสำคัญกับสิทธิเด็กและสตรีเท่านั้น แต่รวมไปถึงเพศทางเลือก ซึ่งมีการประกาศมหาวิทยาลัยให้นักศึกษาสามารถแต่งกายตามเพศสภาพที่ไม่ตรงกับเพศกำเนิด ในเวลาที่มีการเรียนการสอน รวมไปถึงในพิธีพระราชทานปริญญาบัตรได้ ตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหิดล ว่าด้วยเครื่องแต่งกายนักศึกษามหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. 2564 การดำเนินการดังกล่าวเป็นการให้ความคุ้มครองสิทธิเสรีภาพในการแสดงออก ตลอดจนส่งเสริมให้มีความเป็นตัวของตัวเอง ซึ่งจะมีผลต่อการพัฒนาศักยภาพตัวเองในอนาคตอีกด้วย นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยมีการขยายและจัดสรรพื้นที่ในสถานศึกษาให้มีห้องน้ำสำหรับทุกเพศ (All-Gender Restroom) เพิ่มเติม ณ หอพักนักศึกษา ชั้นที่ 1 ของทุกหอพัก โครงการจัดตั้งวิทยาเขตนครสวรรค์ มหาวิทยาลัยมหิดล และคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตศาลายา เพื่อเป็นต้นแบบห้องน้ำทางเลือก ให้ทุกคนสามารถเข้าถึงห้องน้ำที่ปลอดภัย ถูกสุขภาวะ และเป็นการเคารพคุณค่าและสิทธิเสรีภาพอย่างเท่าเทียม
