พื้นที่โดยทั่วไปของมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา มีลักษณะเป็นที่ราบลุ่มต่ำ เดิมเป็นนาข้าวและนาบัว
ปัจจุบันภายในพื้นที่ศาลายายังคงมีลักษณะของพื้นที่ชุ่มน้ำตามธรรมชาติดั้งเดิมหลงเหลืออยู่จำนวน 2 แห่ง
คือ บริเวณตอนเหนือของสถาบันวิจัยประชากรและสังคม และตอนใต้ของอุทยานธรรมชาติวิทยาสิรีรุกขชาติ
เป็นพื้นที่น้ำท่วมในฤดูฝนและแห้งในฤดูแล้งสลับกันไปตามฤดูกาลธรรมชาติเป็นวัฏจักร
มีความหลากหลายทางระบบนิเวศของพื้นที่ชุ่มน้ำ มีต้นไม้ใหญ่ ไม้พุ่ม ขึ้นปกคลุมหนาแน่น
บริเวณภายในพื้นที่มี หนองน้ำและที่ลุ่มชื้นแฉะ สามารถพบเห็นพรรณไม้น้ำจำพวก กก ธูปฤาษี อ้อ ฯลฯ
ขึ้นอยู่ทั่วไป บริเวณน้ำตื้นพบพรรณไม้ลอยน้ำจำพวก จอก แหน ไข่น้ำ ฯลฯ
และยังเอื้อต่อความหลากหลายทางชีวภาพของสัตว์หลายชนิด เช่น นกน้ำ นกทุ่ง ผีเสื้อ กระรอก กบ เต่า
ตัวเหี้ย สัตว์น้ำ แมลงปอ หนอนและแมลงต่างๆ
โดยเฉพาะเป็นแหล่งอพยพลี้ภัยของนกสัตว์ป่าคุ้มครองและไม่สามารถพบเห็นได้ในเมืองหลายชนิด อาทิ เป็ดแดง
นกเป็ดผีเล็ก นกกะปูดใหญ่ นกชายเลนบึง นกอีโก้ง นกนางนวลธรรมดา นกนางนวลแกลบเคราขาว นกกาน้ำเล็ก
นกกระสาแดง นกยางโทนใหญ่ นกยางควาย นกยางเขียว นกปากห่าง นกกาแวน นกแซงแซวหงอนขน นกกระจาบทอง
นกกระเต็นอกขาว นกบั้งรอกใหญ่ นกอีแพรดแถบอกดำ เป็นต้น
พืชและสิ่งมีชีวิตที่อาศัยตามธรรมชาติในพื้นที่ชุ่มน้ำดังกล่าว เป็นทรัพยากรที่มีคุณค่าในแง่นันทนาการ
พักผ่อนหย่อนใจ เส้นทางศึกษาธรรมชาติ การศึกษาพฤติกรรมของนก
และห้องเรียนธรรมชาติสำหรับการศึกษาภาคปฏิบัติของหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยจำนวนหลายแห่ง อาทิ
คณะวิทยาศาสตร์ คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ และวิทยาลัยนานาชาติ เป็นต้น
ใช้เป็นสื่อการสอนเกี่ยวกับระบบนิเวศธรรมชาติ วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม พฤกษศาสตร์ สัตววิทยา เป็นต้น
นอกจากนั้น
ความหลากหลายทางชีวภาพของพื้นที่ยังเอื้อต่อการศึกษาวิจัยของนักศึกษาทั้งในระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษา
ตลอดจนอาจารย์และบุคลากรอีกด้วย