มหาวิทยาลัยมหิดลมีความมุ่งมั่นที่จะก้าวไปสู่การเป็นมหาวิทยาลัยระดับโลก (World Class University) โดยให้ความสำคัญกับการดำเนินงานตามพันธกิจด้านการจัดการศึกษาที่มีคุณภาพ เท่าเทียม ทั่วถึง และส่งเสริมโอกาสการเรียนรู้ตลอดชีวิต โดยยึดหลักการใช้เสรีภาพทางวิชาการในการจัดการศึกษา และเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (Sustainable Development Goals : SDGs) จึงกำหนดนโยบายการใช้เสรีภาพทางวิชาการในการจัดการเรียนการสอน ดังนี้
1. คณาจารย์มีเสรีภาพในการแสวงหาความรู้ การเรียน การสอน การวิจัย การอภิปราย การเสนอความคิดเห็น และการเผยแพร่ความรู้ที่ได้จากการค้นคว้าหาความรู้ไปยังสาธารณชนโดยปราศจากการแทรกแซง ขู่เข็ญ คุกคาม ทั้งจากภายในมหาวิทยาลัยและภายนอกมหาวิทยาลัย ทั้งนี้ การแสดงความคิดเห็นทางวิชาการต้องยึดหลักความถูกต้องไม่ขัดต่อกฎหมาย และศีลธรรมอันดีงาม รวมทั้งไม่ปิดกั้นความเห็นต่าง และต้องเคารพสิทธิเสรีภาพของบุคคลอื่น
2. คณาจารย์มีเสรีภาพทางวิชาการ ในการจัดการเรียนการสอน เพื่อส่งเสริมและพัฒนาสถาบันอุดมศึกษาสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการโดยยึดหลักความถูกต้องเป็นสำคัญโดยต้องไม่ขัดต่อกฎหมายและวัฒนธรรมอันดีงามของประเทศ ทั้งนี้ ให้ยึดผลลัพธ์การเรียนรู้ของผู้เรียนเป็นสำคัญ โดยให้สอดคล้องตามปรัชญาการศึกษาของมหาวิทยาลัย และมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษา ซึ่งสอดคล้องกับอัตลักษณ์ของหลักสูตร สถาบันอุดมศึกษา วิชาชีพ ประเทศชาติ และบริบทโลก อันประกอบด้วย ความรู้ (Knowledge) ทักษะ (Skills) จริยธรรม (Ethics) และลักษณะบุคคล (Character)
3. คณาจารย์ควรให้ความสำคัญกับการส่งเสริมเสรีภาพทางวิชาการของนักศึกษา และการเปิดกว้างในการแสดงความคิดเห็นตามหลักวิชาการ โดยปราศจากการข่มขู่ การใช้อำนาจ หรือการแทรกแซงอำนาจ อันจะนำไปสู่การปิดกั้นในการแสดงออกทางความคิดเห็น รวมทั้งไม่ปิดกั้นจะเลือกเรียนในวิชาที่นักศึกษาสนใจ
4. การใช้เสรีภาพทางวิชาการ จะต้องอยู่ในหลักจริยธรรมที่ถูกต้องและเหมาะสมในทุกปฏิสัมพันธ์และการติดต่อกับบุคลากรทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย