โดยที่มหาวิทยาลัยมหิดล ตระหนักถึงความสำคัญในการจัดการศึกษา ที่ต้องเป็นไปตามหลักเสรีภาพทางวิชาการ โดยเสรีภาพทางวิชาการในการศึกษา ในการเรียนการสอน และการแสดงความคิดเห็นทางวิขาการตามหลักวิชา ย่อมได้รับความคุ้มครอง แต่การใช้เสรีภาพนั้นต้องไม่ขัดต่อกฎหมาย หน้าที่ของปวงชนชาวไทย และศีลธรรมอันดีของประชาขน รวมทั้งต้องเคารพและไม่ปิดกั้นความเห็นต่างของบุคคลอื่น มหาวิทยาลัยมหิดลจึงประกาศแนวทางปฏิบัติในการใช้เสรีภาพทางวิชาการ ในการจัดการเรียนการสอน ดังนี้