ด้วยมหาวิทยาลัยมหิดลได้มีแนวทางในการพัฒนามหาวิทยาลัยให้เป็น Eco University รวมถึงการสร้างค่านิยมความรับผิดชอบขององค์กรต่อสังคม (Corporate Social Responsibility: CSR) มหาวิทยาลัยจึงมีนโยบายด้านการจัดการของเสียอันตราย เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับของเสียอันตรายต่าง ๆ
ส่วนงานปฏิบัติตามนโยบายด้านการจัดการของเสียอันตรายดังต่อไปนี้ (1) ผู้บริหารส่วนงานต้องให้ความสำคัญต่อการจัดการของเสียของส่วนงาน และดำเนินการให้เป็นไปตามนโยบายของมหาวิทยาลัย
(2) ส่วนงานจะต้องส่งเสริมการใช้ของเสียอันตรายในการปฏิบัติงานให้เป็นไปอย่างเหมาะสม คุ้มค่าและปลอดภัย พร้อมทั้งมุ่งมั่นที่จะลดการผลิตของเสียอันตรายสู่สิ่งแวดล้อม
(3) ทุกส่วนงานที่มีการปฏิบัติงานเกี่ยวข้องกับผลิตภัณฑ์ของเสียอันตราย จะต้องมีมาตรการในการดำเนินการคัดแยกประเภทของเสีย
(4) ส่วนงานที่ปฏิบัติงานเกี่ยวข้องกับของเสียอันตรายต้องมีคณะทำงาน หรือผู้รับผิดชอบการจัดการของเสียอันตราย เพื่อกำกับดูแล ติดตามการประเมินผลการจัดการของเสียอันตรายของส่วนงานตามนโยบายที่มหาวิทยาลัยกำหนด
(5) ให้ส่วนงานที่มีการปฏิบัติงานเกี่ยวข้องกับของเสียอันตราย จะต้องมีการบันทึกข้อมูลในระบบฐานข้อมูลของมหาวิทยาลัยซึ่งเป็นฐานข้อมูลกลาง และจัดทำรายงานเสนอต่อมหาวิทยาลัยเพื่อทราบทุกปีงบประมาณด้วย
(6) มหาวิทยาลัยกำหนดให้ส่วนงานนำผลเกี่ยวกับการจัดการของเสียอันตรายเป็นส่วนหนึ่งในการประเมินผลการปฏิบัติงานของส่วนงานด้วย